Вопрос по WordPress и Joomla.

[NeTalant]

Всем привет! кто знает какие файлы на этих движках при обновлении версий остаются неизменными ?

[v01d]

Лучше заливай в файлы тем, или просто в новый файл, после чего делай тач.
Еще как вариант - в обоих движках есть функция, которая вызывается перед обновлением. Можно пристроится в нее, таким образом будешь знать, что движок инициировал свое обновление.