скорее не хватает скорости файловой системы, т.е. тормозят диски. Причины могут быть разные.
Основные:
1) мало памяти или она быстро кончается из-за каких-то громоздких процессов внутри нее и система начинает использовать виртуальную память (т.е. swap, он же тупо диск вместо памяти)
2) какие-то процессы часто и много обращаются к дискам. Вожно это какие-то логи, возможно скрипты пишут или считывают в файлы много