Параметр указывает максимальную продолжительность выполнения сценария (в секундах). По истечении указанного срока сценарий автоматически завершается, что помогает бороться с чрезмерными затратами процессорного времени на выполнение пользовательских сценариев. По умолчанию параметр равен 30 секундам. Если присвоить ему 0, время выполнения сценариев не ограничивается.
а по теме: разбить скрипт на 2 части и поочередно вызывать. Если цикл то можно промежуточные данные сохранять и потом опять брать...
Ну или на крон с малым тайм аутом и проверять не запущен ли уже..