Синхронизировать каталоги (в одной панели локальная папка в другой - фтп) -> устанавливаешь какие файлы нужно показывать (если одностороняя синхронизация -> или <-), убираешь галку по содержимому -> сравнить -> сортировка по дате -> отмечаешь те, которые нужно копировать -> profit!
upd: еще забыл - время изменения на серваке и на компе могут отличаться!