Вобщем написал я чекер NS'ов. Из 20к прочеканных доменов, у 700 произошла ошибка с определением NS-ов, некоторые по таймауту вывалились, а реально домен рабочий, некоторые еще по каким то причинам. Сейчас точно не знаю по чему, но еще покопаюсь, может поправлю. Но тем не менее количество доменов, которые надо проверить существенно уменьшилось, и теперь я их уже буду чекать с помощтю Domain Checker'a
DnsChecker.zip, надо запускать start.bat, в файле input.txt список доменов которые надо проверить, в output.txt будут домены у которых были проблемы с Ns-ами. Главное не забыть нажать ENTER в конце работы, а то результаты не сохранятся
Редактируя start.bat можно задать количество потоков через параметр '-threads'.
P.S. Написано на java, исходники прилагаются.