Для начала, если нужно сделать 200 триллионов итераций, то нужен явно не пхп. Ну если решил делать на пхп, то во первых нужно установить время выполнения скрипта в 0, и в лоб сортировать такие объемы не верно. Сейчас поясню, тут все элементарно. Сложность алгоритма при подходе "в лоб" будет
n^2. Это очень много. А теперь представь, что ты отсортировал массив 1, потом массив 2. А потом уже сравнил. В таком случае сложность будет
n log n для каждого, то есть
3 * (n log n), что на порядки меньше, чем при подходе в лоб. Для этого лучше использовать свою функцию-компаратор, ну или попробуй использовать встроенные в язык, т.к. если не изменяет память, банальное линейное сравнение не даст желаемой сложности.
И еще в пхп есть функция array_intersect, попробуй использовать ее, но я не уверен. Вот
тут подробнее пишут.