Если файлы относительно небольшие, можно так
PHP код:
$n1 = file(SH_MAIN_DIR.'/in/n1');
$n1 = array_map('trim', $n1);
$n2 = array();
foreach(file(SH_MAIN_DIR.'/in/n2') as $v){
$n2[] = trim(preg_replace("@([^/]{1,})/.*@", "$1", $v));
}
file_put_contents(SH_MAIN_DIR.'/in/n3', implode("\r\n", array_diff($n1, $n2)));