Яндекс допускает такого рода штуки (региональное ранжирование компаний) только если у компании в этом регионе есть офис и телефон.
Т.е. должен быть прописан адрес на странице контактов в соответствии с регионом, и соотв. телефон, или, на худой случай, 8-800.
Проверь эти моменты - возможно, на сайтах есть что-то одинаковое.
Бгг. Ты от Яндекса спрятаться решил?
Добавляй сайты в Я.Вебмастер, ставь Я.Метрику.
И пиши по любому вопросу в поддержку, старайся делать это не шаблонно - получишь ответ от живого сотрудника, а не на кофейной гуще гадать будешь.
Это всё - если ты, конечно, хочешь получать из Яндекса трафик.