Будет ли такая ссылка считаться активной
<a href="http://www.key-word.com" onclick="return openLinkInNewWindow(this)">key word</a>
И будет ли ее учитывать гугл как ссылку с анкором?
Имхо, должна гуглом учитываться.
Создай в какойнибудь жопе страницу, и поставь на неё ссылку в таком формате гденибудь где тусуется бот и проверь проиндексируется или нет страница в жопе.