попробуй воткнуть это после mysql_connect:
Код:
mysql_query('SET NAMES cp1251');
возможно не все кодировочные настройки базы применились правильно и где-то срабатывает дефолт, а эта строка динамически будет переключать их в 1251. Если этот способ поможет, то лучше все-таки найти в каком месте не так и настроить правильно