+1 если база mysql - то просто запрос правильный написать, если все мылы в одном поле, то вообще элементарно, но потом парсить придется:
showmedamoney@workhorse:~$ mysql -ushowmedamoney -p
Enter password:
вбиваешь пасс, заходишь и указываешь куда дампать всё, что ты будешь делать:
mysql> \T /home/showmedamoney/mails.txt
Получаешь ответ: Logging to file 'mails.txt'
Пишешь запрос (возможно он у тебя другой будет):
mysql> select emails from mytable;
после того как закончит:
mysql> quit
Bye
После этого твои три гига уменьшатся и останется написать маленький скриптег на пыхпыхе.